FlashGot (плагин для Firefox) как-то же вызывает внешние программы (можно вызвать xterm и передать ему команду, например). Значит, возможно.

Яваскрипт выполняемый на веб-странице - не может, ибо такова политика безопасности. Если и сможет, то только воспользовавшись уязвимостью браузера.

Плагины ФФ могут обращаться к ресурсам ОС, через апи браузера.

А конкретно вот такой пример кто то может описать? есть ссылка вида xmpp:[email protected] при клике на неё файерфокс ругается а хотелось бы чтоб добавил контакт например в pidgin (может конечно не в тему, но столкнулся недавно и лисой тоже недавно пользуюсь, до этого в основном opera была)

оффтоп, но все же. Для веб-разработчиков, особенно js программистов есьт очень полезный плагин Selenium IDE. Эта штука запоминает ваши действия на странице, а потом вы можете их прогонять в режиме повтора.. оч хорошо экономит время..