Могу предложить pdf-shuffler, но он, очевидно, только в pdf.

статейка со скриптами

Gscan2pdf
умеет сохранять в djvu но в бубунте 10.04 эта функция у меня перестала работать поэтому сохраняю в pdf а потом конверчу в djvu

pdf2djvu -d 400 --lossy 1234.pdf -o 1231321.djvu

sudo add-apt-repository ppa:jeffreyratcliffe/ppa
для 10.04 пока там пусто... но может не у всех как у меня чуство ускоренного времени )))

блин... не дочитал вопрос... именно распозновать я не пробовал, просто картинки

Программа 'gscan2pdf', возможно, подойдет вам.
Официальный сайт:
http://gscan2pdf.sourceforge.net/

Она является графической. Если точнее, то она является внешней надстройкой для консольных утилит. Она поддерживает распознавание текста через 'gocr', 'tesseract' и 'ocropus'. Возможно, что получится работать с русским языком.

Не могу не отметить, что просто для сборки tiff'ов в один файл djvu удобно использовать следующий скрипт (требует наличия djvulibre):

#!/bin/bash
DEFMASK="*.tiff"
DPI=600
OUTFILE="out.djvu"

MASK=$DEFMASK

for i in $MASK; do
if < ! -e $i >; then
usage
echo "Error: current directory must contain files with the mask $MASK"
echo
exit 1
fi

if < ! -e $i.djvu >; then
echo "$i"
cjb2 -dpi $DPI $i $i.djvu
fi
done

djvm -c $OUTFILE $MASK.djvu

for i in $MASK; do
if < -e $i.djvu >; then
rm -f $i.djvu
fi
done

Данный написан скрипт для черно-белых(bitonal) изображений, что удобно для сборки после работы с scantailor.
Для цветных и "серых" нужно использовать другие кодеки.
Их описание можно найти на этой странице:
http://djvu.sourceforge.net/doc/index.html

*Данный скрипт написан

Улучшение качества DJVU книг

minidjvu *.tif output.djvu

Правда без распознавания, просто сборка.