странный вопрос, явно не по апачу и не по линуксу, ну да ладно.
1) не пускать по определенным адресам юзерагенты поисковиков
2) директива host в robots.txt для яши
3) линки на зеркалах на основной
4) поисковики сами выясняют что зеркало что нет, правда не всегда правильно - пунт 3 обычно помогает
5) заглушки с редиректом на основной на определенное время
6-*) блаблабла
*) PROFIT

как-то так =)

положить в 2 и 3 robots.txt в корень:

1 2 3

# go away User-agent: * Disallow: /

зеркала - как отдельные виртуалхосты с одинаковым документрутом должны быть
для разных виртуалхостов зеркал прописывам правила для разных robots.txt. с nginx было бы проще

1. Создаём blockrobots.txt, где запрещаем ботам ходить по сайту. Кладём в корень.
2. Создаём в корне же .htaccess вида

RewriteEngine on
RewriteCond {%HTTP_HOST} \.spb\.ru|\.tmweb\.ru
RewriteRule robots\.txt blockrobots.txt

Короче, отдавать блокирующий robots.txt только на нужных доменах.