У меня во FreeBSD был минус. Но там UFS, и она оставляла резерв (под и-ноды вроде, на случай большого количества мелких файлов). Вот в этот резерв можно и залезть...

ext3, когда залазишь в резерв, оно просто показывает нули (по крайней мере, так было до этого).

Кеш? Журнал?

Смотри и
опция "-m"

слегка подчистив место, я добился:

У меня было такое на битом диске, по моему на FreeBSD. Битая часть была в конце диска, сплошной полосой. Заблокировал этот битый кусок, через victoria по моему, и на этом диске всё стало нормально. В смысле после переустановки можно было использовать.
Т.е. Я бы рекомендовал проверить ваш диск на бэд-блоки с помощью той же victoria или mhdd.

Первое что пришло в голову — файловую систему на ошибки проверяли?

вобщем я ребутнулся, проверил корень, всё было впорядке, ребутнулся опять и всё работало нормально - по нулям в корне.
воспроизвести опять пока не удается, думаю.