Ну так по ссылке уже было решение как раз для твоего случая. :)

Тебе надо просто найти, где именно в portage определяется нужная тебе переменная, написать небольшой if-fi, который будет смотреть на версию ебилда(если 9999, то одна дира, если нет, то всё, как обычно) и прописать в /etc/portage/env/sys-apps/portage функцию pre_src_compile, добавляющую твой if в портажи(или офромить это всё дело своим патчем к portage - это даже лучше, наверное). Самое сложное здесь, найти, где же именно определяется нужная тебе переменная. Я так бегло глянул, похоже это функция unpack() в ebuild.sh. Потом останется пересобрать портажи и можно пользоваться.