За "почитать" спасибо огромное, надо было мне раньше наткнуться на этот документ.
Чую, что я в свое время не до конца разобрался, и при разбивке SSD, хоть и выравнивал разделы - не указал число головок и секторов fdisk'у... Появляется такое чувство, будто я сам себя одурачил, и теперь придется переразбивать диск и переставлять систему

Скажем сохраняем корень:

1 2 3 4

mkdir /tmp/tmpmount mount --bind / /tmp/tmpmount cd /tmp/tmpmount tar -czf /media/EXTERNALHDD/root.tar.gz *

И так для каждого раздела.

Кроме того, есть мнение, что сохранять данные безопаснее загрузившись с LiveCD/LiveUSB.

Не понимаю почему другие начинают приводить способы ускорения, даже не выяснив проблему. Наааароооод! Проблема в диске, и надо выяснить в чем именно. Даавайте ставить iotop и анализировать именно диск для начала, т.к. проблема именно в нем. Автор, опишите свою дисковую подсистему.

И да, после всего тестирования, ради всего святого, не забудьте вырубить bootchart (В пред сообщении, случайно написал archboot вместо bootchart). Просто у меня уже был жуткий опыт, когда во время загрузки система начала проверять ЖД, а я ушел по своим делам. Система проверяла хард минут 30, ввиду его объема. Дальше бутчарт стал строить эту жуткую картинку, размером в несколько гигабайт, и на ЖД не хватило места. Было эпично, весь ЖД забился, в оперативке эта картинка и курсор в gdm перемещается со скоростью пиксель в минуту.