При выводе на полный экран, насколько я знаю, производится временное отключение composite режима для более быстрого вывода картинки. При выводе оповещения composite режим снова включается на некоторое время.

То есть, мигание - это переключения режима composite/обычный.
В композитном менеджере compiz это регулируется в настройках.
При отключении мигания возникают приличные торможения на старых видеокартах.

Статья про эту опцию:


Для kde точно сказать не могу.