Сейчас немного пишу на perl. Не знаю, действителен ли мой подход для Си и прочих.

Пишу ядро программы, гуй(обработку опций командной строки или любой другой способ управления программой, допиливаю, когда всё уже готово). В процессе написания для тестирования использую костыли(принты, вывод в лог) и дебаггер.

Практически все используемые в программе функции складываю в модули. Их несколько, делятся по логике(глубоко системные, такие как обращения к бд или реализация внутренних интерфейсов - это одно, а например, реакция на пользовательские команды - это другое и т.п.). В основной программе оперирую этими написанными функциями. Правда, есть у меня ещё один ньюанс - я активно использую cpan.org, который тоже даёт мне набор уже готовых модулей для очень многих задач, что тоже способствует вынесению практически всех функций из main'а.

Логично предположить, что в сложных программах выгоднее вызвать команду на другом языке или даже воспользоваться библиотекой из другого языка, чем реализовывать этот функционал самому. На примере того же perl'а - многие модули к нему написаны на сях(для увеличения скорости работы) или, например на плюсах(подключение qt к perl-программам).

Это довольно хорошо раскрыто во многих общих доках по устройству файловой системы linux, но однозначного стандарта нет, так что для каждого дистрибутива надо читать документацию, предоставленную разработчиками и сборщиками пакетов.
Я лично в процессе разработки работаю, как бы в корне - то есть все модули и библиотеки у меня в programname/lib/ (тут ещё идёт разбивка на поддиректории, в зависимости от того, какого типа модули, откуда взяты, т.е. дистрибутивные, в ручную установленные с cpan или мои собственные), документация, дополнительные материалы в programname/usr/doc/ и programname/usr/share/. Непосредственно исполняемые файлы, соответственно programname/bin/. Ну и так далее(логи - var, временные файлы tmp).

Как это не странно, но однозначный стандарт есть. И даже часть его перевода лежит тут, на welinux.

Написанный, конечно, есть.
Но в реальности всё же разные дистрибутивы следуют своим устоявшимся традициям и правилам. :)
Хорошо это или плохо - тема для отдельного холивара, но такова уж судьба.

может сделаете пару постов с примерами, я тут осваиваю азы, щас курс был вступления в си, но там на винде и самые азы

Еще можно сделать так:
cd $HOME
mkdir tmp
cd tmp
mkdir hello
cd hello
apt-get source hello
sudo apt-get install hello

И посмотреть полученные пакет и исходники. Это как раз образец дебиановского пакета и исходников на примере Hello, world

Да, в принципе, всё уже написано до меня.
К примеру, можно почитать раздел "Файловая система"(Глава 5) книжки "Руководство администратора Linux" Эви Немет, Гарт Снайдер, Трент Хейн.

Дистрибутивы в общем и целом то как раз и следуют этому стандарту.

если нужна поддержка скриптов в программе, проще подключить питон, чем изобретать своё.

а можно ЭТО увидеть ?

blender, inkscape. gimp вроде тоже может

http://ru.wikipedia.org/wiki/Использование_Python
раздел "Примеры проектов, реализованных на Python"

спасибо, век живи - век учись