про 800 мегов вы конечно... супер...
у меня 300 мегов роутер на 30 машин и ничего named нормально живет.

Обратите внимание, может это конечно нормально для chroot, но у вас более 50%(выделено красным) в kernel mode. это настораживает, чем там ядро занято... обычно это дисковые операции...

ну все равно 800 сало я считаю для древнего компа который выступает в качестве основного сервера для интернет-провайдера, да еще с биллингом))

так и что с ним сделать? с винтом вроде все нормально...хотя я его не проверял на битые сектора...

простите за "сало", это видимо моя украинская натура сказалась) я хотел сказать "мало" ))

проверить авктивность винта iostat-ом
strace может показать на каких внешних вызовах повисает

А что за биллиг и как интернет раздаете(vpn/squid/netflow)?

донецкий биллинг MikBill бесплатная версия на 150 чел. я еще не в курсе как и чем раздавать, все только настраиваю)

Оччччень похоже на leap second bug
одын
двыа

Что эта команда делает?

Чисто по приколу спрашивать нравится или лень посмотреть man\интернеты?

Ставит текущее время, но дропает миллисекунды, из-за которых возникает коллапс

нравится спрашивать)
при выполнении дата сбрасывается что ли..?

1 2	# date -s "$(date -u)" Чтв Сен 6 00:00:00 EEST 2012

и не помогло, даже перезагружался

значит не оно

Ну а в логах что?

самое интересное что ничего подозрительного

Надо включить подробный лог. Ну и конфиги тоже посмотреть можно. То, что такая нагрузка - это слишком много, это ясно. У меня имеется dns-сервер как раз на машинке с 700MHz проца и он почти не даёт нагрузки на сервер, хотя работает локальным кеширующим dns'ом и поддерживает несколько зон в режиме мастера и несколько в режиме слейва.

Попробуй выставить
recursion no

Была аналогичная проблема недавно. Только все 4 ядра уходили в загрузку под 100 процентов.

Да тут так же.

делал, не помогло (