Привык я так что на одном столе - браузер, на другом - vim, на третьем - mc и т.д. Есть ли какая-то команда для запуска приложения именно на определенном виртуальном десктопе?

Решение - devilspie.
Собственно, устанавливаем.
sudo aptitude install devilspie, ну или как там у вас в вашем менеджере пакетов ;)
Видимо, официальный сайт
Еще немного на русском:
http://inf.by/linux/247
http://lazysketches.blogspot.com/2009/01/blog-post.html

Рассмотрим на примере teamviewer(подставь свое приложение :) ). Мы хотим чтобы он запускался к примеру, на третьем виртуальном рабочем столе(viewport).
Запускаем devilspie в терминале.
Потом запускаем teamviewer и посмотреть что в терминале devilspie по этому поводу написал. К примеру, Application Name: "teamviewer".
Заходим(или создаем) в папочку ~/.devilspie/
Создаем файлик teamviewer.ds (имя неважно, главное чтоб .ds).
В него пишем примерно это:

1 2 3 4 5 6 7

(if (is ( application_name ) "teamviewer" ) (begin (set_viewport 3) (maximize) ) )

Скобочки все обязательны, количество открывающих равно количеству закрывающих, а написать, в принципе, можно и в строчку. (set_viewport 3) говорит нам что надо запускать на третьем столе. (maximize) - что на весть экран.
Сохраняем, убиваем devilspie и запускаем снова.
Чтобы все это при автозагрузке делалось можно скриптик написать

1 2 3 4

#!/bin/bash teamviewer wait 1 #чтобы окошко успелось создать(не уверен что это нужно, но на всякий случай делаю:) ) devilspie -a #параметр a говорит применить правила к уже отрисованным окнам.

Ну и добавляем скрипту права на выполнение и в автозагрузку его) Вроде все)
Весь остальной синтаксис можно почитать по ссылкам выше.