Ну для начала наверно напишите на чем сайты, какой бэкенд и т.п.А вообще таки да, первое что приходит на ум -- юзать кокой-нибудь VCS.

То, что Вам нужно, называется rsync.

Для файлов - VCS. Читайте про Subversion, Git, Mercurial и их собратьев.

Вариант номер раз: любая VCS
Вариант номер два: rsync

у меня на работе реализовано так - есть компьютеры разработчиков, есть тестовый сервер и есть продакшен-сервер.
разработчики работают через git, на тестовый сервер попадает что-то более или менее готовое, это все тестируют и, если все это работает, на тестовом запускается скрипт, который готовит из проекта на тестовом сервере образ (iso), предварительно минифицируя и сжимая js и css-файлы, образ копируется на продакшен, где проект на него переключается (старый образ демонтируется и монтируется новый). таким образом продакшн нельзя менять напрямую и есть возможность переключиться на старые образы. ну а папки, куда надо что-то писать в образе как ссылки на реально существующие папки на продакшене, куда действительно есть возможность писать.

и, в общем-то, я очень рад что я внедрил у нас такую систему выкладки, очень удобно. копирование rsync'ом для больших проектов - не очень хорошо.

освой капистрано

Я для этих целей использую mercurial через ssh.
На боевом сервере поднят репозиторий Mercurial. На своем компьютере я провожу разработку и тестирования. Когда я уверен, что все работает, я выполняю команду hg push www и все файлы на боевом сервере обновляются.

У меня при коммите в гит авто-экстракт в директорию с проектом на сервере. И так для каждого проекта. Очень удобно. Любые факсы сразу попадают на тестовый сервер. Когда все отлажено, проект копируется на хостинг через ssh.