Я пользуюсь вот таким списком, ну иногда там что-то изменяется!
firefox
gajim
amarok
vlc
thunderbird
rdesktop
mc
nano - в консоле
Gedit
xnview
openoffice
vmware
LAMP

zsh, core utils, куча браузеров (верста), yeahconsole, GNU Screen, mplayer, mpd+ncmpcpp, joe, geany, mcabber и gajim и ещё кучу всего, но чаще всего именно перечисленные. без zsh и screen вообще жить не могу

а у меня чистая консоль, и стандартный набор console-программ.
mc
nano

так как пока только сервер у меня стоит, и настраиваю его...

Я буду ответственно относиться к безопасности своих приложений.

Браузер - firefox
Месенжер - pidign
DE - gnome
openoffice.org 3
Mузыка - Rhythmbox + vagalume (lastfm)
Видео - vlc
Для фтп - filezilla
пароли - keepass
торрент - deluge

KDE4.2(kmail,akregator,dolhpin,plasma)
Amarok/mdp+relaxx(на хоум сервере)
Firefox
vlc/dragon
OpenOffice/MSOffice2007( в кроссовере, для особенных случаев.)
Gimp
Inkscape
FontForge
gVim
bash-python-django-git
VirtualBox
rtorrent+wtorrent(на сервачке)
gentoo/arch

FF
Thunderbird
Psi+
Mitter
VirtualBox
VLC
MPlayer
Amarok
Deluge
Gnome
KDE

да в целом у всех одинаково, поэтому опишу только повседневные проги, которые юзаю
amarok - 22Гб музла, разного да крутого))
ФФ3 - ну тут ниче нового
КГет&КТоррент - тоже понятно для чего
KMplayer
и Konsole))

sudo aptitude install opera ktorrent kftpgrabber skype bluefish gimp inkscape gthumb amarok grip soundkonverter easytag openoffice.org gtk-recordmydesktop klipper

Вроде бы всё... Впрочем, может, что и забыл.

PS ОС *buntu, KDE 4.2, GNOME, XFCE (от железа и настроения) :))

firefox+arora
psi
claws-mail
deluge
filezilla
mpd+mpc+rmpc+ario
(g)vim
qtcreator
leafpad
ooffice
mplayer
openbox+tint2+wbar+trayer

В винде (с которой тоже приходится работать) почти те же программы.

firefox
pidign
gnome
openoffice.org 3
exaile, totem
vlc
filezilla
deluge
tomboy
gqview
gedit
liferea
thunderbird
specto
kompozer

opera
psi
awesome
openoffice
mpd,ncmpcpp,mpc
rtorrent
gqview
zsh
screen
keepassx
pcmanfm

забыл про:
nano
centerim
vim
mc
links
=)

pcmanfm
psi
iceweasel
icedove
gvim
gimp
boinc
exaile
texmaker
OOo
tilda
mc
truecrypt
linuxdcpp
qutim
FileZilla
KVIrc
Liferea
Mplayer
VirtualBOX

Основное:

VirtualBox
pidgin
gimp
firefox3
opera
htop
basket
tilda
pcmanfm
liferea
audacious
urxvt
mc
mcedit :)
medit
rdesktop
claws-mail
openoffice
smplayer (fe к mplayer)
OpenOffice
psi

firefox
gnome + xmonad
mpd + ncmpc
gvim
mutt
mcabber
latex
mplayer
screen
logjam
liferea
deluge

Epiphany
Nautilus
Audacious
Gedit
Pidgin
Transmission
Eog
Evolution
Totem
GNOME MPlayer

fluxbox (нет ничего лучшего, если любишь скорость и удобство (очень развиты шорткаты, мышкой вообще практически не пользуюсь), не любишь фреймово-консольного минимализма, но и не терпишь лишнего мусора кде/гнома)
firefox-3 + epiphany (иногда надо что-то быстро посмотреть, а фф с диким количеством табов и с соответствуещим аппетитом запускать не хочется)
thunderbird
pidgin (не в восторге, но лучших под линукс нет)
exaile (если нужен хороший каталогизатор музыки, у меня ее на 300 гигов почти) + audacious (просто быстро послушать музыку, кидая свежескачаные альбомы в плейлист и не заморачиваясь библиотекой)
smplayer (самый функциональный) + vlc (иногда мплеер не хочет что-то правильно играть)
krusader (самый функциональный файл-менеджер, хоть и не люблю qt, а особенно - кде и многое в крусэйдере сделано сильно неудобно, альтернатив ему нет) под кде3 (за версии крусэйдера, кторрента и убийство kpdf в кде4 я бы убил всех кде4-девов. и в самой кде4 эти программы, возможно, выглядят нормально, а под другими вм/де - ужасно. кроме того, они ужасно глючат в настоящее время)
deluge (раньше был ktorrent, сейчас в арче только кторрент под кде4, версия под кде3 не поставилась одновременно с крусэйдером. кторрент был функциональней, но делюж вполне устраивает)
nicotine (клиент soulseek, музыку искать)
gnome-terminal, gcalctool, zenile ;)
lmms (музыку создавать ;) уже достаточно хорошо работает и сравним с fl studio)
conky (часто бывает нужно посмотреть, сколько места на винте осталось, почему все тормозит с сотней запущеных программ :D или еще чего. скорее привычка, чем реальная надобность)

изредка пользуюсь:
mencoder (запостить скриптики для рипанья двд в очень хорошем качестве в х264?)
subdownloader/aegisub (субтитры искать, в т.ч. автоматически по хешу видео-файла нужные)
fslint (искать дубликаты файлов на винте - в виду пользования несколькими (в т.ч. не своими) компьютерами они возникают нередко ;) )
virtualbox
audacity (в основном - вырезать кусок микса или просто одну песню)
avdemux (в видео что-нибудь исправить, что менкодером сделать сложно или невозможно)

arora - клевый браузер на qt
iceweasel - посидел, неплохо
dwm - клево, надо ковыряться в коде на С
mpd - без комментариев
rtorrent - надо еще гуй настроить :)
xine-ui - не люблю mplayer

ion3
Firefox
Liferea
gajim
skype
MOC
mplayer
mencoder
GQView
urxvt
mc
htop
vim
StarDict
OpenOffice
maxima/wxMaxima/texmacs
Matlab
VirtualBox

Консоль - zsh, nano, mc, htop, ssh-client, gpm
Оболочка - lxde
Мониторинг - knemo (сетевых интерфейсов), gkrellm (себя), nagstamon (удаленных хостов)
Браузер - iceweasel (firefox)
Новости - akregator
Общение - kopete (icq, jabber, skype), kmail
Скачка - qbittorrent, eiskaltdc++, wget, иногда kget и kmldonkey
Удаленное управление - krdc (vnc, rdp), teamviewer
Музыка - clementine
Видео - smplayer, иногда vlc
А также - k3b, googleearth, openoffice.org, nautilus|dolphin|pcmanfm, virtualbox, wine, kwrite, gparted, v4l2ucp, xscreensaver
Из серверных софтин можно выделить - vsftpd, nxserver, apache, icinga, samba