После этого комментария вдруг подумал что подробное описание этого вопроса для новичков имеет большое значение. Как то сам неожиданно вспомнил, что в свое время испытывал некоторые неудобства из-за неясности где что лежит. Эта статья основана на документе Linux filesystem standard, FSSTND, версии 1.2 (который пытается установить стандарт на организацию дерева каталогов в Linux-системе)