Я рекомендую — я рекомендую Zim

В свете множества программ для заметок решил порекомендовать очень удачную zim[1].

преимущества:
* wiki разметка: не нужно постоянно править стили для вставленного текста (basket пытается сохранять цвет/размер шрифта, что на мой вкус лишнее), поддерживаются гиперссылки.
* на диске заметки представлены как набор файлов и каталогов, в случае необходимости править заметки можно в vim, архивировать привычными средствами (rsync/tar).
* возможность использования для управления списком задач (TODO)
* плагины! (в их числе управление версиями, проверка правописания, календарь, вставка формул)


[1] http://zim-wiki.org/