Какие файлы не знаю. Корень и хоум уже три года как поставил на ssd чего и всем желаю. Всякие файлы большие храню на ntfs

у нас на серверах в качестве кэша для дисков тоже используется SSD, около полугода, вроде живут.

По теме вопроса.
Как сделать исследование не знаю, но коню и так понято, что /var большой кэш. /bin /sbin /usr /boot переписываются крайне редко (обновления установка нового по).

Корень крайне редко перезаписывается.
Чуть чаще /usr
Ещё чаще /var
Наиболее активно пишутся /tmp и /home.
Вынос только корня на быстрый диск скорости не придаст. Надо выносить ещё и /usr с /var. /tmp лучше запихать в оперативку, а /home держать на обычном винте. Это значительно увеличит скорость загрузки, но в повседневной работе большого прироста не даст, так как при работе пользовательских приложений больше всего времени уходит на чтение с хомяка, а не на запуск самого бинарника. Так что если уж хочется действительно скорости, то SSD надо ставить на всё.

есть подситстема ядра inotify, которая извещает об изменении файлов, используется системами поиска и индексирования.
либо непосредственно работать с ней, либо поискать готовые решения

atop? iotop?