Есть вопрос! — Русские символы не печатаются в одной из Java-программ

Эта программа - IHMC CmapTools (или CmapLite), служит для рисования концепт-карт (образцы тут и тут http://welinux.ru/post/3466/) (далее для краткости - CmapTools). Использую её уже давно, под W2k и ХР проблем с кодировкой не было. Под Linux (сперва Xandros (на базе Debian Etch), затем Ubuntu 10.04) почти при каждом запуске программы возникает проблема с вводом русских букв: они либо не вводятся совсем (чаще всего), либо вместо них возникают пустые квадратики, либо вообще - арабские буквы справа-налево (под Убунту ни разу не было такого). Проблема может иметь место сразу при запуске, а может - через полчаса.