я слышал о неком 'set' но оно не гуглится

По идее для обновления 9999 версий надо их емержить заново. Так что надо сделать что-то вроде

1	emerge `[что-нибудь, что выведет все 9999-пакеты]`

Сейчас подумаю и скажу точнее.

Попробуй так

1	emerge `qlist -Iv | grep 9999`

Например, вот так:

1	eix -cI | grep 9999 | awk '{print $2}' | xargs emerge -pv

существует 2 классных способа для обновления live-пакетов:
1) если позволяет версия портажа - > 2.2, то появились sets:
@live-rebuild
@smart-live-rebuild
@smart-live-rebuild-nonetwork

2) Если версия портажа ниже, то устанавливаем утилиту:
app-portage/smart-live-rebuild

вуухууу, класс... в Funtoo это есть... вот о чем мне говорили про set'ы

Спасибо, ваш ответ лучший.